Phạm Quý Ngọ là Trưởng ban chuyên án điều tra các sai phạm tại Vinalines (Tổng công ty Hàng hải Việt Nam).[6] Sáng ngày 7 tháng 1 năm 2014, Dương Chí Dũng khai trong phiên tòa xử em trai là Dương Tự Trọng rằng Phạm Quý Ngọ là người điện thoại nói cho ông ta biết về việc quyết định khởi tố, bắt tạm giam mình đã được phê chuẩn, bảo ông ta tránh đi một thời gian.[6] Trả lời phỏng vấn, Phạm Quý Ngọ phủ nhận liên quan đến việc Dương Chí Dũng bỏ trốn.[6]. Dương Chí Dũng khai rằng mình hối lộ ông Phạm Quý Ngọ hai lần, lần đầu với 10 nghìn đô la Mỹ ở Tuần Châu, Quảng Ninh, nơi ông Ngọ đang nghỉ mát. Bà Phạm Thị Mai Phương, vợ Dương Chí Dũng cũng khai trước tòa rằng ngày 29-4 đã cùng chồng đi thăm vợ chồng Phạm Quý Ngọ ở Tuần Châu và có đưa tiền cho Phạm Quý Ngọ.[7] Lần thứ hai vào ngày 2 tháng 5 năm 2013 tại nhà riêng ông Ngọ với số tiền là 500 nghìn đô la Mỹ[8]. Ngoài ra, Dũng cũng đã khai là đã giúp bà Trương Mỹ Lan của Công ty Vạn Thịnh Phát ở TP Hồ Chí Minh vào năm 2010 chuyển khoản tiền hối lộ 1 triệu USD cho Phạm Quý Ngọ.[9],[7] Theo ông Dũng, người đưa tiền của bà Lan có tên là Tiệp đã nói với ông: "Anh yên tâm đi, tôi đã gặp và báo cáo với anh Trần Đại Quang – Bộ trưởng Bộ Công an, để anh Quang có ý kiến với anh Ngọ. Và anh Quang sẽ điện cho anh, để anh Ngọ không can thiệp hay gây khó cho doanh nghiệp nữa." [10]

Trong phần tuyên án, chủ tọa Trương Việt Toàn đã công bố quyết định khởi tố vụ án Cố ý làm lộ bí mật Nhà nước. Căn cứ vào kết quả tranh tụng tại phiên tòa, HĐXX yêu cầu VKS điều tra làm rõ hành vi nhận 510.000 USD để chạy tội cho Dương Chí Dũng trong vụ án Vinalines,…